İdrar örneği alınmadan önce idrar yollarının dış kısmı sabunlu su ile iyice yıkanır. Bol su ile durulanır. Eğer steril gazlı bez veriliyorsa, paketinden çıkarılarak kurulamada kullanılır. İdrarın ilk kısmı dışarı atıldıktan sonra, orta kısmı steril bir kapta toplanır. İdrar kabının ağzı bir yere değdirilmemeli, kap ağzına kadar doldurulmamalıdır. Daha sonra idrar kabının ağzı kapatılarak kısa sürede laboratuvara ulaştırılır. Hemen laboratuvara gönderilemiyorsa, yarım saat kadar buzdolabında bekletilebilir. Özel naylon torbalarda bebeklerden idrar toplanırken; idrar alınacak bölge sabunlu su ile iyice temizlenir. Bol su ile durulanır. Sonra verilen steril gazlı bez, paketinden çıkarılarak kurulamada kullanılır. Plastik torba, idrar etme bölgesini içine alacak biçimde deriye yapıştırılır. Sık sık izlenerek, gelen idrar bekletilmeden alınır. Naylon torbanın yapışkan uçları birbirine değdirilerek kapatılır. Paket haline gelen torba doğrudan ya da vidalı kapaklı steril bir idrar kabı açılıp içine konularak laboratuvara gönderilir. Hemen laboratuvara gönderilemiyorsa bu durumda yarım saat kadar buzdolabında bekletilebilir. 20 dakika içerisinde torbada idrar birikmezse aynı temizlik işlemlerinden sonra torba çıkarılarak yenisi ile değiştirilir. Yeni torba yapıştırılır. Bu işlem idrar çocuklarda idrar alınamıyorsa birkaç kez yinelenebilir. Sondalı hastalardan numune alınırken kesinlikle torbadan ya da torba enjektörle delinerek numune alınmaz. Kateter üretraya yakın bir noktadan klemplenir ve üst kısma idrarın dolması beklenir sonra alkol ile silinir ve kuruması beklenir ve bir enjektör (ucu yukarıya bakar biçimde ) sokulur. Biriken idrar enjektörle ya da vidalı kapaklı steril bir idrar kabı açılarak içine konup laboratuvara gönderilir. Doğrudan idrar kesesinden enjektörle (trans pubik) alınan numune ile sondalı hastadan alınan numune laboratuvara mutlaka bildirilmelidir. Kolonyalı mendil ya da kimyasal madde içeren hazır paket mendillerinin numune alma sırasında temizlik amacıyla kullanılması uygun olmayabilir.